Kościół św. Mikołaja, swoją historię łączy z dziejami handlu lewantyńskiego.

Kupcy greccy handlujący w Zamościu przeważnie winami i małmazją otrzymali 10 stycznia 1589 r. od kanclerza i hetmana koronnego Jana Zamojskiego przywilej wybudowania świątyni kultu prawosławnego. Organizacyjnie Grecy zamojscy, wyznawcy prawosławia, posiadali autonomię. Hierarchicznie podlegali bezpośrednio pod patriarchat konstantynopolitański. Kupcy greccy mieli swoją autonomiczną parafię aż do pierwszych lat XVIII wieku. Wskutek wojen, kiedy handel upadł, a kupcy wrócili do Grecji kościół przeszedł na własność Ordynacji Zamojskich.

W 1706 r. Anna z Gielińskich Zamojska, podskarbnica wielka koronna, oddała cerkiew bazylianom unitom. Ci rozwinęli działalność misyjną dla wiernych obu obrządków. Po zniesieniu diecezji chełmińskiej w 1875 r. ówczesny rząd carski oddał kościół w zarząd miejscowym prawosławnym. Kościół pozostał w ich rękach do 1915 r., kiedy to wobec zbliżających się wojsk austriackich miejscowy pop opuścił miasto, a kościół stał nieczynny.

W lipcu 1918 r. Kuria Biskupia w Lublinie wniosła prośbę do austriackiego generała – gubernatora o oddanie cerkwi zamojskiej. Cerkiew przekazana została 6 sierpnia 1918 r. ordynariatowi dla celów kultu katolickiego. Kościół stał się świątynią szkolną pod wezwaniem św. Stanisława Kostki. W 1934 roku ordynariusz lubelski bp Fulman oddał kościół Zgromadzeniu Najświętszego Odkupiciela (Redemptorystom), które zaprosił do swojej diecezji. Redemptoryści obok kościoła wybudowali swój klasztor. W roku 1941 Redemptoryści zostali pozbawieni kościoła gdyż władze niemieckie przekazały go wiernym Kościoła prawosławnego. Kolejnym etapem usuwania redemptorystów z Zamościa przez władzę okupacyjne była konfiskata klasztoru (w latach 1942 – 44), który następnie zmieniono na hotel dla Niemców. Kościół i klasztor zostały odzyskane przez Redemptorystów po wyzwoleniu przez armię czerwoną w 1944 roku.W 1953 roku zbudowano ołtarz główny, gdzie mieści się autentyczna kopia cudownego obrazu MBNP. W 1952 roku wybudowano organy.

W lipcu 1918 r. Kuria Biskupia w Lublinie wniosła prośbę do austriackiego generała – gubernatora o oddanie cerkwi zamojskiej. Cerkiew przekazana została 6 sierpnia 1918 r. ordynariatowi dla celów kultu katolickiego. Kościół stał się świątynią szkolną pod wezwaniem św. Stanisława Kostki. W 1934 roku ordynariusz lubelski bp Fulman oddał kościół Zgromadzeniu Najświętszego Odkupiciela (Redemptorystom), które zaprosił do swojej diecezji. Redemptoryści obok kościoła wybudowali swój klasztor. W roku 1941 Redemptoryści zostali pozbawieni kościoła gdyż władze niemieckie przekazały go wiernym Kościoła prawosławnego. Kolejnym etapem usuwania redemptorystów z Zamościa przez władzę okupacyjne była konfiskata klasztoru (w latach 1942 – 44), który następnie zmieniono na hotel dla Niemców. Kościół i klasztor zostały odzyskane przez Redemptorystów po wyzwoleniu przez armię czerwoną w 1944 roku.W 1953 roku zbudowano ołtarz główny, gdzie mieści się autentyczna kopia cudownego obrazu MBNP. W 1952 roku wybudowano organy.

Pod względem architektonicznym kościół reprezentuje dwa style: renesansowy i barokowy. Pierwotnie do kościoła prowadziła brama pod wieżą ze skromnym portalem barokowym, kutym w kamieniu. Obecnie przedsionek jest późniejszą dobudówką . Wnętrze świątyni o jednej nawie, nakryte jest żebrowana kopułą renesansową z tzw. Latarnią. Wieża miała charakter baszty obronnej.

6 grudnia cały Kościół wspomina św. Mikołaja – biskupa. Dla większości z nas był to pierwszy święty, z którym zawarliśmy bliższą znajomość. Od wczesnego dzieciństwa darzyliśmy go wielką sympatią, bo przecież przynosił nam prezenty. Tak naprawdę zupełnie go wtedy jeszcze nie znaliśmy. A czy dziś wiemy, kim był Święty Mikołaj? Być może trochę usprawiedliwia nas fakt, że zachowało się niewiele pewnych informacji na jego temat.

Od epoki, w której żył św. Mikołaj, dzieli nas siedemnaście stuleci. To wystarczająco długi czas, by wiele wydarzeń z życia Świętego uległo zapomnieniu. Dziś wiedza o nim jest mieszaniną faktów historycznych i legend. Trudno jednak oprzeć się wrażeniu, że nawet w fantastycznie brzmiących opowieściach o św. Mikołaju tkwi ziarno prawdy. 
Święty Mikołaj nieustannie przekazuje nam jedną, zawsze aktualną ideę. Przypomina o potrzebie ofiarności wobec bliźniego. Pięknie ujął to papież Jan Paweł II mówiąc, że św. Mikołaj jest „patronem daru człowieka dla człowieka”.